Abdoulaye Doumbia och Gustav Lindgren gjorde målen för Häcken. Alla tre mål kom i andra halvlek.
Första halvleken slutade 0-0. Matchen var intensiv och tempostark, men utan mål.
– Vår första halvlek är svag, framförallt i presspelet där vi blir för passiva, säger huvudtränare Jens Gustafsson.
Häcken kom ut med ny energi efter paus. Inhopparna fick beröm av tränaren.
– Vi vinner andrabollarna och är mer intensiva upp, säger Gustafsson.
Det är Häckens andra raka derbyseger i Göteborg. Förra helgen besegrade de IFK Göteborg.
– Hela truppen bidrar till den här vinsten, säger Gustafsson.
Häcken fortsätter sin starka derbyform i västsvenska möten.