Lindgren slog till redan i fjärde minuten. I den 20:e minuten ökade Häcken genom ett självmål. Gabriel Busanello reducerade för MFF i den 24:e minuten.
Lindgren gjorde sedan sitt andra mål i den 37:e minuten. Erik Botheim reducerade för Malmö strax före paus, men det räckte inte.
6163 åskådare såg Häckens tredje seger för säsongen. Laget är fortfarande obesegrat efter sju omgångar.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar.
För Häcken fortsätter den starka inledningen på säsongen, medan Malmö får problem i defensiven.