Lindgren öppnade målskyttet redan i den fjärde minuten. Sedan kom ett självmål i den 20:e.
Gabriel Busanello och Erik Botheim kvitterade för Malmö. Men Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e minuten.
6163 åskådare såg matchen. Malmö FF:s tränare Miguel Angel Ramirez var kritisk efter förlusten.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi arbetar hela tiden med defensiven, men vi måste arbeta ännu mer, sa Ramirez.
Han efterlyste mer aggressivitet över hela planen. Malmö förbättrade sig under matchens gång men det räckte inte.
Förlusten innebär att Malmös defensiva problem fortsätter.