Lindgren slog till redan efter fyra minuter. Sedan kom ett självmål i den 20:e minuten som gav Häcken 2-0.
Gabriel Busanello reducerade till 2-1. Lindgren svarade direkt med sitt andra mål i den 37:e minuten.
Erik Botheim reducerade till 3-2 strax före paus. Men Malmö kunde inte komma tillbaka.
Häcken fortsätter vara obesegrade efter sju omgångar med tre vinster och fyra kryss. Lagkapten Mikkel Rygaard hade sagt före matchen att laget bjudit bort poäng.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var självkritisk efter förlusten:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan.
6163 åskådare såg Häcken ta tre poäng i ett toppmöte där försvaret svek för båda lagen.