Målen kom från Abdoulaye Doumbia och Gustav Lindgren. Alla tre fullträffar gjordes i andra halvlek.
Första halvlek slutade mållös. Huvudtränare Jens Gustafsson var inte nöjd.
– Vår första halvlek är svag, framförallt i presspelet där vi blir för passiva, säger Gustafsson.
Häcken kom ut med ny energi efter paus. Gustafsson lyfter fram inhopparna som avgörande.
– Vi vinner andrabollarna och är mer intensiva upp, säger Gustafsson.
Det var Häckens andra raka derbyseger i Göteborg. Senast besegrade man IFK Göteborg borta.
Häcken fortsätter sin starka form i Allsvenskan med ännu en trepojängare i Göteborgsderbyna.