Lindgren slog till redan efter fyra minuter. Sedan kom ett självmål i Malmös nät i den 20:e minuten.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö. Men Lindgren svarade med sitt andra mål i den 37:e minuten.
Erik Botheim gjorde 3-2 strax före paus. Sedan var det slut på målen.
Publiken på Nordic Wellness Arena såg fem mål på 40 minuter. 6 163 åskådare var på plats.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag, sa Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez efter matchen.
– Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar.
Häcken ligger obesegrade efter sju omgångar med två vinster och fem oavgjorda. Malmö tappade viktiga poäng i toppmötet.