Gustav Lindgren gjorde två mål för Häcken. Han nickade in 1-0 redan i den fjärde minuten och avgjorde med 3-2 i den 37:e.
Mellan hans mål hade Gabriel Busanello och Erik Botheim vänt till 2-1 för Malmö. Ett självmål gav 2-2.
Häcken är obesegrat efter sju omgångar. Två vinster och fem oavgjorda – tills nu.
– Vi ska fortsätta i det stim vi är inne i och förhoppningsvis även ta tre poäng, sa lagkapten Mikkel Rygaard före match.
Malmötränaren Miguel Angel Ramirez var tydlig i sin kritik efteråt.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar, sa han.
6163 åskådare såg Häcken ta sin första trepointare för säsongen.