Lindgren sköt 1–0 redan efter fyra minuter. Sedan var han inblandad när Jens Stryger Larsen styrde in 2–0 i eget mål.
MFF reducerade, men Häcken höll undan. Alla fem målen kom före halvtid.
– Det var många chanser där och jag tänker att: "Nu kommer det". Jag får nöja mig med två i dag, säger Lindgren till TV4.
Trots ledningen var 24-åringen självkritisk i paus.
– Jag blir arg på de fasta situationerna vi släpper till, vi släpper in dem i matchen. Den här matchen borde vara död i halvlek, säger Lindgren.
Även Malmös Otto Rosengren var missnöjd med försvaret.
– Vi har glömt hur man försvarar, så det måste vi ändra på. Det är alldeles för enkla mål och chanser vi släpper till, säger Rosengren i halvtid.
Segern innebär att Häcken brytte sin krysstakt om tre matcher och klättrar i tabellen.