Gregersen, 31, har elva landskamper för Norge. Han spelade i IF Elfsborg 2019 på lån från Molde FK. Då gjorde han ett mål på 26 allsvenska matcher.
Sedan dess har karriären gått via Bordeaux och vidare till MLS. I Atlanta har han gjort tre mål och en assist på 69 matcher.
MFF och Atlanta har nått en överenskommelse om en permanent övergång. Gregersen ersätter Colin i Malmös försvar.
Den 191 centimeter långa mittbacken blir därmed Malmös andra värvning som lämnar USA för Allsvenskan.