I mitten av första halvlek slog Fofana en svag hemåtpassning mot målvakten Warner Hahn. Bollen nådde aldrig fram.
Rasmus Niklasson Petrovic snappade upp bollen och satte 1-0.
– Det var skit i mitt huvud. Passningen blev med utsidan av foten. Jag skulle ha passat med bredsidan, säger Fofana.
I andra halvlek fick Hammarby en tung smäll. Hampus Skoglund åkte på sitt andra gula kort. Samuel Salter punkterade sedan matchen med 2-0.
– Vi får erkänna att vi har en del tur också. Men framförallt en jäkla mentalitet och laganda som tar oss till segern, säger Gais tränare Fredrik Holmberg.
Hammarby spelade sin tredje match på en vecka. Lagkapten Nahir Besara startade inte på grund av en lättare känning.
Gais har nu tre segrar och ett kryss på de fyra senaste matcherna efter tre raka förluster i säsongsinledningen.