Försvararen slog en svag hemåtpassning med utsidan i stället för bredsidan. Rasmus Niklasson Petrovic snappade upp bollen och rundade Warner Hahn för 1-0.
– Det var skit i mitt huvud. Direkt när jag såg passningen kände jag: "Nej. Det är skit". Jag är besviken, säger Fofana.
I andra halvlek blev det värre för Hammarby. Hampus Skoglund fick sitt andra gula kort och utvisades.
Sedán satte Samuel Salter 2-0 och punkterade matchen.
Lagkapten Nahir Besara inledde på bänken. Han hade en lättare känning och var inte redo att starta, enligt tränare Kalle Karlsson. Besara hade gjort hattrick mot Malmö FF i helgen.
Gais har nu tre segrar och ett kryss på de fyra senaste matcherna efter en tung inledning med tre raka förluster. Hammarby ligger kvar fem poäng bakom serieledande Sirius.