Mittfältaren kom från Onsala 2020. Han var med när klubben åkte ur allsvenskan och vände tillbaka.
Den här säsongen har Fagerjord gjort ett mål och en assist på sex starter. Gais ska kvala till Conference League i sommar.
– Det känns bra att ha förlängt mitt kontrakt här. Jag trivs väldigt bra i klubben och har gjort det i många år, säger Fagerjord till klubbens hemsida.
Enligt GP har utländska klubbar varit intresserade. Men 27-åringen stannar i Göteborg.
– Det känns väldigt bra att vi kommit överens om en långsiktig förlängning med Joackim. Han är en av våra absolut viktigaste spelare, säger tekniske direktören Magnus Sköldmark.
Gais siktar på att etablera sig som ett stabilt topplag i allsvenskan.