Jens Stryger kvitterade i minut 22. Men Momoh Ibrahim Kamara satte 2–1 till Elfsborg i den 34:e minuten.
Malmö fick rött kort under matchens gång. Paradoxalt nog var laget som bäst efter utvisningen, enligt tränare Gaute Helstrup.
– Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger Helstrup efter matchen.
Han pekade ut bristerna i försvaret.
– Sen hanterade vi inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort. I perioder är presspelet inte heller tillräckligt bra.
Trots att Malmö pressade på efter det röda kortet räckte det inte.
– Vi är som bäst efter det röda kortet och får tryck på motståndet. Men vi har lite att jobba med. Vi är för utsträckta, säger Helstrup.
Förlusten innebär att Malmö tappar viktiga poäng i toppen av Allsvenskan.