Jens Stryger kvitterade i minut 22. Men Momoh Ibrahim Kamara gav Elfsborg segern med sitt mål i den 34:e minuten.
Malmö fick rött kort men kunde inte utnyttja tryckläget. Huvudtränare Gaute Helstrup var inte nöjd efter matchen.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger Helstrup.
Han pekade särskilt på Elfsborgs kontringar.
– Sen hanterade vi inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort.
Malmö var som bäst efter det röda kortet, enligt Helstrup. Men det räckte inte.
– Vi är för utsträckta, vi måste bli ett mer kompakt lag, säger han.
Förlusten gör att Malmö fortsätter att tappa viktiga poäng på hemmaplan.
Källor