Zeneli slog till tidigt i den femte minuten. Kamara utökade till 2–0 i den 34:e.
Jens Stryger reducerade för Malmö i den 22:a minuten. Men MFF kom inte närmare.
Tränare Gaute Helstrup var besviken efter matchen.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger han på klubbens hemsida.
Elfsborgs kontringsspel satte Malmö i problem. Helstrup pekade ut det som en av anledningarna till förlusten.
– Vi hanterade inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort. I perioder är presspelet inte heller tillräckligt bra.
Malmö fick rött kort under matchen och spelade bäst numerärt underlägsna. Men det räckte inte hela vägen.
Förlusten innebär att Malmö fortsätter att tappa mark i toppen av Allsvenskan.