Arben Zeneli satte 1–0 redan i den femte minuten. Jens Stryger kvitterade i den 22:a, men Momoh Ibrahim Kamara avgjorde i den 34:e.
Malmö hade stundtals spelövertag men lyckades inte utnyttja det.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer, säger huvudtränare Gaute Helstrup efter matchen.
Han pekar på att laget inte hanterade Elfsborgs kontringsspel tillräckligt bra. Presspelet sviktade också i perioder.
– Vi är för utsträckta, vi måste bli ett mer kompakt lag, säger Helstrup.
Intressant nog spelade Malmö som bäst efter ett rött kort. Då fick de tryck på motståndet.
Men det räckte inte. Elfsborg tog tre poäng från Skåne.
Malmö har nu tappat viktiga poäng i kampen om toppen av Allsvenskan.