Arben Zeneli gav Elfsborg ledningen redan i den femte minuten. Jens Stryger kvitterade för Malmö i den 22:a.
Sedan kom Momoh Ibrahim Kamara och avgjorde. Hans mål i den 34:e minuten blev matchvinnaren.
Malmö hade periodvis spelövertag men skapade för lite. Elfsborgs kontringar var dödliga.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer, säger Gaute Helstrup efter matchen. Vi utnyttjar inte vårt spelövertag tillräckligt väl.
Huvudtränaren var också kritisk till lagets presspel.
– Sen hanterade vi inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort. I perioder är presspelet inte heller tillräckligt bra.
Elfsborg fick ett rött kort men Malmö lyckades inte pressa hem en kvittering trots numerärt överläge.
Förlusten innebär att Malmö tappar mark i toppen av tabellen.