Arben Zeneli satte 1–0 redan i den femte minuten. Jens Stryger kvitterade i den 22:a minuten.
Sedan avgjorde Momoh Ibrahim Kamara i den 34:e minuten. Elfsborg ledde med 2–1 i paus och höll undan.
Malmö FF hade tidvis spelövertag men skapade inte tillräckligt. Gaute Helstrup var inte nöjd efteråt.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger Helstrup.
Han pekade också på att laget inte hanterade Elfsborgs kontringsspel tillräckligt bra.
– Vi är för utsträckta, vi måste bli ett tätare lag, fortsätter tränaren.
Förlusten innebär ytterligare poängtapp för Malmö FF på hemmaplan.