Arben Zeneli gav Elfsborg ledningen redan efter fem minuter. Jens Stryger kvitterade i den 22:a minuten.
Sedan avgjorde Momoh Ibrahim Kamara i den 34:e minuten.
Malmö hade kontroll i perioder men utnyttjade inte sitt övertag. Gaute Helstrup var besviken efter matchen.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger Helstrup.
Särskilt Elfsborgs kontringsspel blev ett problem för hemmalaget.
– Sen hanterade vi inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort. I perioder är presspelet inte heller tillräckligt bra, säger Helstrup.
Malmö fick rött kort under matchen och spelade paradoxalt nog bättre i underläge.
– Vi är som bäst efter det röda kortet och får tryck på motståndet. Men vi har lite att jobba med, säger Helstrup.
Förlusten innebär att Malmö tappar mark i toppen av Allsvenskan.