Arben Zeneli satte 1-0 efter fem minuter. Jens Stryger kvitterade i minut 22.
Sedan gjorde Momoh Ibrahim Kamara 2-1 i den 34:e minuten. Det blev avgörande.
I slutskedet blev det värre för Malmö. Mittbacken Malte Frejd Pålsson fick rött kort efter att ha rivit ner Leo Östman vid ett friläge.
– Man är sur. Nu får jag bara höja huvudet och göra det bättre för laget, säger Frejd Pålsson.
Helstrup var inte nöjd efteråt.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi hanterade inte Elfsborgs kontringsspel så bra som vi borde ha gjort, säger tränaren.
För Elfsborg innebar segern ett slut på tre raka allsvenska förluster. Det är dessutom första gången sedan 2014 som de vinner borta mot Malmö.