Arber Zeneli öppnade målskyttet efter fem minuter. Den 31-årige mittfältaren satte fart och smällde in 1–0 via ett Malmö-ben.

Jens Stryger Larsen nickade in kvitteringen i den 22:a minuten. Men Elfsborg svarade snabbt.

Momoh Ibrahim Kamara rullade in 2–1 i den 34:e minuten efter en framspelning från Zeneli.

Malmö jagade kvittering. Malte Frejd Pålsson drog på sig rött kort efter att ha rivit ner Leo Östman vid ett friläge.

– Man är sur. Jag får bara höja huvudet och göra det bättre för laget, säger Frejd Pålsson till SVT Sport.

– Det känns som déjà vu. Vi har varit det bättre laget men förlorat, säger Sead Haksabanovic.

Elfsborg stoppade blödningen efter tre raka allsvenska förluster. Första bortasegern mot Malmö sedan 2014.