Bo Hegland vann bollen vid mittplan i den 35:e minuten. Han hittade fram till Piotr Johansson på vänsterkanten.
Johanssons inspel landade hos Kristian Lien som nickade in 1-0. Lien gjorde sitt tolfte allsvenska mål för säsongen.
– Ett fantastiskt inlägg av Piotr, jag blir överraskad varje gång han lägger en boll så perfekt till mig, säger Lien till SVT Sport.
Jeppe Okkels utökade till 2-0 i den 58:e minuten. Patric Åslund satte 3-0 i den 82:a.
Malmö skapade lite under den första halvtimmen. Sedan kollapsade de.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss och blottade oss för kontringar, säger tränaren Gaute Helstrup.
Malmös Adrian Skogmar var tydlig efteråt.
– Det är för dåligt, säger han till SVT Sport.
Hegland hyllades för sina avgörande framspelningar. Norrmannen låg bakom Djurgårdens två första mål på Eleda Stadion.