Bo Hegland vann bollen vid mittplan i den 35:e minuten. Han hittade Piotr Johansson på kanten. Inspelet landade hos Kristian Lien som nickade in 1-0.
Lien gjorde sitt tolfte allsvenska mål för säsongen.
– Ett fantastiskt inlägg av Piotr, jag blir överraskad varje gång han lägger en boll så perfekt till mig, säger Lien till SVT Sport.
Jeppe Okkels utökade till 2-0 i den 58:e minuten. Patric Åslund satte 3-0 i den 82:a.
Hegland hyllades efter matchen för sina avgörande framspelningar. Han låg bakom de två första målen.
Malmös tränare Gaute Helstrup var självkritisk.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss och blottade oss för kontringar. Sista timmen var en allt för dålig prestation, säger han till klubbens hemsida.
Adrian Skogmar höll med.
– Det är för dåligt, säger han till SVT Sport.
Djurgården studsade tillbaka starkt efter senaste derbyförlusten.