Bo Hegland vann bollen vid mittplan och hittade Piotr Johansson på kanten. Ett perfekt inlägg från Johansson hittade Kristian Lien som nickade in 1-0 i den 35:e minuten.
Lien gjorde sitt tolfte mål för säsongen. I andra halvlek ökade Jeppe Okkels på till 2-0 i den 58:e minuten. Patric Åslund satte 3-0 i den 82:a minuten.
Malmö blev nollade på hemmaplan.
– Det är för dåligt, säger Malmös Adrian Skogmar till SVT Sport.
Tränaren Gaute Helstrup var kritisk efter matchen.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget, säger han.
Djurgården studsade tillbaka efter derbyförlusten och dominerade mot ett svagt Malmö som fortsätter att tappa hemma.