Hampus Finndell fick bollen från Patrick Åslund efter tio minuter. Han sköt säkert till 1–0.
Sex minuter senare nickade Miro Tenho in 2–0 på hörna från Bo Hegland.
AIK reducerade snabbt. Zadok Yohanna spelade fram 17-årige Kevin Filling som gjorde 1–2 efter 22 minuter.
Det hjälpte inte. Djurgården höll emot.
Sotirios Papagiannopoulos saknades i AIK-truppen på grund av skada. Lagkaptenen hade tampats med knäproblem inför matchen.
SVT:s expert Magnus Eriksson kallade Finndells mål för "vackert anfall".
Det var Amel Mujanics första Stockholmsderby i AIK-tröjan. Mittfältaren kom till klubben förra året.
Djurgården tog sin första derbyseger på hemmaplan denna säsong.