Dijan Vukojevic sköt 0-1 i den 17:e minuten. Diego Garcia kvitterade för MFF efter paus, men Vukojevic avgjorde i den 70:e minuten.
Malmö hade 74 procent bollinnehav och 12 avslut mot Degerfors fem. Det räckte inte.
De egna supportrarna buade ut laget efter förlusten. Johan Karlsson tog kritiken efter matchen.
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, säger han till SVT Sport.
MFF räddade tre poäng mot BP för en vecka sedan. Ingen ny vändning denna gång.
Andrej Djuric nickade in bollen i eget mål i slutminuterna, men målet dömdes bort för offside.
Mesta mästarna fortsätter att hacka i tabellen.