Ett självmål gav 1-0 i den 15:e minuten. Johan Hove kvitterade på tilläggstid i första halvlek.
Arman Taranis avgjorde i den 85:e minuten.
AIK dominerade bollinnehavet med 57 procent. De hade sju hörnor mot Degerfors fyra.
Det hjälpte inte. Degerfors var effektivare.
Matchen sågs av 5 449 åskådare på Stora Valla. Victor Wolf dömde.
Taranis klev in från bänken och blev matchhjälte. Degerfors hade åtta avslut totalt, tre på mål.
Vinsten bryter en lång hemmasvit för Degerfors. Förlusten innebär nya bekymmer för AIK som fick fyra gula kort.