Adrian Svanbäck avgjorde i den 52:a minuten. Finländaren nickade in ett hörnspark från Mikkel Ryygard och satte 1–0.
Dessförinnan hade Robin Olsen räddat på ett skott från samme Ryygard. Gästerna var det farligare laget under den första halvleken.
Malmö kom starkare mot slutet. Inbytte Anders Christiansen var nära att kvittera med ett drömskott. Bollen träffade insida stolpe. Diego Garcia var offside på returen och kunde inte slå in rekylen.
Ett senare mål av Christiansen annullerades också. Dansken hade befunnit sig på egen planhalva när passningen spelades, men domarna dömde bort målet.
– Vad är det man alltid sa innan VAR kom? Att offsiden alltid ska komma den offensiva spelaren till godo. Är det så tajt så ska man låta spelet gå om man inte är hundra procent säker, säger Christiansen.
Han är tydlig med att han hade koll på läget.
– Jag tycker generellt om den här domartrion. Man ser att Glenn har blivit bättre av alla Europamatcher. Stora hyllningar till honom. Sen är det klart att när man gör så stora fel så är det irriterande, när det går emot oss.
Christiansen säger ändå att han inte vill gnälla.
– Men domarna gör sitt bästa och jag vill fortfarande inte ha VAR. Då kan jag inte stå här och gnälla. Det är en del av fotbollen.
Ett stolpskott på övertid summerade Malmös kväll. MFF ligger nu på sjunde plats i allsvenskan. IFK Göteborg klättrar upp på fjärde plats och håller Europadrömmen vid liv.