Anton Andreasson gav nykomlingar ledningen i den 51:a minuten. Erik Botheim kvitterade i den 73:e.
Malmö hade problem i första halvleken. Vädret ställde till det för båda lagen, enligt tränaren Miguel Angel Ramirez.
– Vi hade svårt att hitta rätt tempo i spelet i inledningen. Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och kom efter misstag från vår sida, säger Ramirez.
Malmö skapade flera chanser i slutet. Det räckte inte.
– Vi avslutar matchen bra men vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Örgryte höll undan och tog en viktig poäng i kampen för att etablera sig i Allsvenskan.