Anton Andreasson gav Örgryte ledningen i den 51:a minuten. Malmö hade svårt att hitta rytmen.
Erik Botheim kvitterade i den 73:e minuten. Men MFF kom inte närmare än så.
Tränare Miguel Angel Ramirez var självkritisk efter matchen. Vädret skapade problem i första halvlek. Målet MFF släppte in kom efter egna misstag.
– Vi avslutar matchen bra och skapar flera chanser. Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Malmö dominerade stora delar av den andra halvleken. Men Örgryte stod emot.
Ett oväntat poängtapp för ett MFF som brukar vinna premiärmatcher.