I returmötet på hemmaplan gjorde Felicia Schröder hattrick. Häcken ledde med 2–0 efter nio minuter.
Hammarby kom tillbaka. Svea Rehnberg nickade in 2–1 i den 26:e minuten. Elin Sørum kvitterade till 2–2 i andra halvlek.
Då klev Schröder fram igen. 3–2 blev slutresultatet.
Det är första gången på 86 år som Häcken vinner en internationell titel. Den 16 maj möts lagen igen – då i finalen av Svenska Cupen på 3Arena i Stockholm.
Häcken jagar nu en historisk trippel med SM-guld, Europatitel och cuptitel.