I returmötet på hemmaplan vände Häcken 0–1 till 3–2. Felicia Schröder gjorde hattrick.
Hammarby reducerade till 1–2 genom Svea Rehnberg i den 26:e minuten. Elin Sørum kvitterade till 2–2 efter hörna i andra halvlek.
Då klev Schröder fram igen. Efter samspel med Anna Anvegård satte hon 3–2.
Det är första gången Häcken vinner en europeisk titel på 86 år. Trippeln är möjlig – SM-guld, europatitel och nu väntar cupfinal.
Häcken möter Hammarby igen i Svenska Cupen-finalen den 16 maj på 3Arena i Stockholm. Då kan klubben från Hisingen säkra sin andra titel mot samma motståndare på en månad.