Gustav Lindgren gjorde två mål för Häcken. Han nätade först i den 4:e minuten, sedan igen i den 37:e. Ett självmål gav Häcken 3–1.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten. Erik Botheim kom tillbaka till 2–3 i den 40:e minuten.
Malmös tränare Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar, sa han.
Häcken är fortsatt obesegrade i Allsvenskan efter sju omgångar. Malmö FF får fortsätta jobba med defensiven efter ännu en förlust där laget släppte in tre mål.
6163 åskådare såg Häckens tredje seger för säsongen.