Felicia Schröder avgjorde. Anfallaren gjorde hattrick i returmötet på hemmaplan efter att ha vunnit bortamötet 1–0.
Häcken ledde 2–0 efter nio minuter. Hammarby kvitterade till 2–2 i andra halvlek, men Schröder ordnade 3–2 och avgjorde finalen.
Nästa utmaning kommer redan den 16 maj. Då ställs lagen mot varandra igen – i finalen av Svenska Cupen på 3Arena i Stockholm.
Häcken kan fullborda en historisk trippel: SM-guld, europatitel och inhemsk cuptitel. Det skulle vara första gången i klubbens 86-åriga historia.
Biljetter till cupfinalen släpps den 5 maj klockan 12.00. Supportergruppen Gaddarna arrangerar bussresa från Hisingen.
Ett svenskt damlag har aldrig tidigare vunnit både europacup och inhemsk dubbel samma säsong.