Felicia Schröder sköt Häcken till segern med tre mål i returmötet. Anfallaren gjorde 2–0 redan efter nio minuter tillsammans med Anna Anvegård.
Hammarby kvitterade till 2–2 genom Svea Rehnberg och Elin Sørum. Men Schröder avgjorde med sitt tredje mål.
Det är första gången i klubbens 86-åriga historia som Häcken vinner en europeisk titel.
Nästa steg är finalen i Svenska Cupen den 16 maj. Då möts lagen igen på 3Arena i Stockholm.
Vinner Häcken även cupen och SM-guld står klubben inför en historisk trippel. Aldrig tidigare har ett svenskt damlag tagit tre titlar samma säsong.