– Philip har valt att säga upp sig efter ett knappt halvår hos oss, vilket så klart är tråkigt, säger sportchefen Mikael Hjelmberg.
Berglund avskärmas nu från A-lagsverksamheten under sin tre månader långa uppsägningstid. Han får inte längre tillgång till dokument och scoutingprogram kopplade till herrlaget.
I stället ska han scouta för akademin och samarbetsklubben HTFF.
– Den här veckan har vi valt att avskärma honom från verksamheten, säger Hjelmberg till Fotbollskanalen.
Berglund tillträder sitt nya jobb i Malmö i början av augusti. 34-åringen var sportchef i Brommapojkarna i tre år innan han kom till Hammarby.
– Malmö FF är Sveriges genom tiderna mest framgångsrika förening och jag ser en enorm potential till att det ska fortsätta vara så, säger han till klubbens hemsida.
Situationen blir extra känslig inför cupfinalen och när lagen möts i Allsvenskan på söndag.