34-åringen anställdes som chefsscout i vintras. Efter bara ett halvår sa han upp sig.
Hammarby har nu stängt av honom från A-lagsverksamheten. Han får inte längre tillgång till dokument och scoutingprogram kopplade till herrlaget.
– Den här veckan har vi valt att avskärma honom från verksamheten, säger sportchef Mikael Hjelmberg till Fotbollskanalen.
Under sin tre månader långa uppsägningstid ska Berglund istället jobba med scouting kring akademin och HTFF.
Situationen blir extra känslig. Hammarby möter Malmö i allsvenskan på söndag. Dessutom väntar cupfinal i helgen.
– Malmö FF är Sveriges genom tiderna mest framgångsrika förening och jag ser en enorm potential till att det ska fortsätta vara så, säger Berglund till klubbens hemsida.
Berglund var tidigare sportchef i Brommapojkarna i tre år. Där etablerade han klubben i allsvenskan.