34-åringen tillträder i augusti. Han kom från Brommapojkarna där han var sportchef i tre år.
– Philip har valt att säga upp sig efter ett knappt halvår hos oss, vilket så klart är tråkigt, säger Hammarbys sportchef Mikael Hjelmberg.
Under uppsägningstiden får Berglund nya arbetsuppgifter. Han plockas bort från a-lagets verksamhet och ska i stället scouta för akademilagen.
– Vi har avskärmat honom den här veckan, säger Hjelmberg.
Daniel Andersson, fotbollschef i MFF, kallar det en viktig rekrytering.
– Även om vi tidigt kände att Philip Berglund var rätt person har vi pratat med många olika kandidater, säger han.
Berglund själv ser fram emot uppdraget.
– Malmö FF är Sveriges genom tiderna mest framgångsrika förening och jag ser en enorm potential till att det ska fortsätta vara så, säger han.
Med Berglunds avgång förlorar Hammarby sin tredje nyckelspelare i den sportsliga ledningen på kort tid.