Johan Hove satte straffen i den 26:e minuten. Bersant Celina hade fällts av Jakob Kindberg efter förarbete från Zadok Yohanna.
Sedan kom smällen. Dino Besirovic tvingades utgå skadad direkt efter straffmålet.
– Jag passade bollen till Celina och då kände jag att någonting var fel. Det var väldigt smärtsamt, säger Besirovic.
Skadan sitter i vaden. MR-undersökning väntar.
– Självklart är jag orolig, jag vill spela.
Hove var inte nöjd med prestationen trots segern.
– Vi kanske underskattade dem. Det var inte helt topp från vår sida och det måste vi kolla på.
Stanley Wilson har startat alla tre matcher och spelade 90 minuter igen. SVT Sports expert Magnus Eriksson menade att 19-åringen gör det väldigt, väldigt bra.
AIK har nu sju poäng på tre matcher. Kalmar står kvar på noll.